Forskningen vid Latinamerikainstitutet avspelar sin tid. Dagens forskare studerar teman som står i centrum för den aktuella utvecklingen på kontinenten. Till dessa hör ekonomisk integration; samspel och konflikter mellan kategorier som kön, etnicitet och klass; framväxten av sociala rörelser; och politiska reformer.
Tidigare årtionden studerade andra teman. På sjuttiotalet studerades agrara frågor, fackföreningar, och industrialiseringsprocesser. Under åttio- och nittiotalen kom fokus att flyttas till skuldkrisen, Latinamerikas ekonomiska relationer till Europa och Norden, framväxten av ett starkt civilsamhälle och ekonomiskt samarbete mellan det västra halvklotets länder.
Utöver den forskning dess forskare själva bedriver, söker Latinamerikainstitutet även vara en samlingspunkt för Latinamerikaforskning i Sverige i stort. Institutets nätverk av anslutna forskare, gästforskare, öppna föreläsningar, planerings- och reseanslag, och forskningsseminarium bidrar till denna funktion. Det gör även den tidskrift, Iberoamericana, som ges ut vid institutet.
Ytterligare en uppgift för institutet är att intressera forskare inom samhälls- och humanvetenskaper i stort för lärdomar och exempel hämtade från Latinamerika.